大日如来的保护神是药师佛，药师佛是佛教中尊称“药王菩萨”或“药上菩萨”，为密教五智法界之主，位居东方，与阿弥陀佛、金刚手菩萨、观音菩萨、文殊菩萨并列为五大菩萨，是佛教中重要的护法神祇之一。药师佛以智慧和医疗技能著称，其法相也被用于许多医药和保健品生产上。
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